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| 基于海甘蓝RNA-Seq序列开发EST-SSR分子标记 | |
| 引用本文： | 戚维聪,程计华,黄邦全,李坦,林峰.基于海甘蓝RNA-Seq序列开发EST-SSR分子标记[J].江苏农业学报,2014(5). |
| 作者姓名： | 戚维聪 程计华 黄邦全 李坦 林峰 |
| 作者单位： | 1. 江苏省农业科学院农业生物技术研究所，江苏 南京 210014; 荷兰瓦赫宁根大学植物育种系，荷兰 瓦赫宁根 6708PB 2. 荷兰瓦赫宁根大学植物育种系，荷兰 瓦赫宁根 6708PB; 中国科学院武汉植物园，湖北 武汉 430074 3. 湖北大学生命科学院,湖北 武汉,430062 4. 江苏省农业科学院农业生物技术研究所,江苏 南京,210014 |
| 基金项目： | 江苏省农业科技自主创新基金CX(13)3060 |
| 摘 要： | 利用油料作物海甘蓝(十字花科)发育时期种子的RNA-Seq测序数据组装获得186 778条cDNA重叠群(Contigs)序列,通过MISA和Primer 3程序设计了6 639个EST-SSR分子标记。在这些标记中,除了单核苷酸重复(45%)外,三核苷酸重复的SSR是最常见的碱基重复类型(29%),其次是双核苷酸型(10%)、五核苷酸型(7%)、六核苷酸型(5%)和四核苷酸型(2%)型。采用电子定位的方法将1 206个EST-SSR标记定位到近缘种白菜(Brassica napa)的基因组上。依据引物在白菜基因组中的分布,挑选了20条EST-SSR引物在海甘蓝中进行PCR验证,其结果显示所有引物均能够扩增出符合预期大小的PCR片段。这些新开发的EST-SSR引物可以作为功能标记应用于海甘蓝的分类鉴定、遗传图谱构建、种质资源鉴定以及分子标记辅助育种工作中。 |
| 关 键 词： | 海甘蓝 RNA-Seq EST-SSR 分子标记 |
Development and characterization of EST-SSR markers derived from RNA-Seq in Crambe abyssinica |
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| QI Wei-cong,CHENG Ji-hua,HUANG Bang-quan,LI Tan,LIN Feng.Development and characterization of EST-SSR markers derived from RNA-Seq in Crambe abyssinica[J].Jiangsu Journal of Agricultural Sciences,2014(5). | |
| Authors: | QI Wei-cong CHENG Ji-hua HUANG Bang-quan LI Tan LIN Feng |
| Abstract: | |
| Keywords: | Crambe abyssinica RNA-Seq EST-SSR molecular marker |
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