利用小RNA深度测序技术鉴定白芷病毒病病原

目的]白芷（Angelica dahurica）是一种药用历史悠久的传统中药，本研究利用小RNA深度测序技术明确引起山西太谷白芷花叶、褪绿症状的病原，为白芷病毒病的防控提供依据。方法]将采集的白芷病样进行小RNA深度测序，通过RT-PCR和序列相似性分析明确白芷病毒病的分类地位。结果]白芷样品经小RNA深度测序共获得22 158 005个原始序列，将拼接contigs与NCBI中的病毒数据库进行比对注释，结果显示比对到黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus,CMV）3条正义链RNA 3、RNA 2、RNA 1的比对率分别为2.14%、1.28%和1.10%。利用特异引物克隆了CMV-BZ RNA3的外壳蛋白和移动蛋白基因全序列。通过序列比对分析，发现CMV-BZ CP氨基酸序列和核苷酸序列分别与CMV亚组ⅠB中CMV分离物（CMV-SD-YT和CMV-SXCH）和（CMV-SD-QD）的相似性最高，分别为99.1%和99.5%;MP氨基酸序列和核苷酸序列分别与CMV亚组Ⅰ分离物Ah的相似性最高，为99.3%和99.0%。MP和CP氨基酸序列系统进化分析表明，CM...