韭(Allium tuberosum)叶绿体基因组及其特征分析

以韭(Alliumtuberosum)叶绿体基因组为研究对象,利用Illumina NovaSep高通量测序技术对韭叶绿体基因组进行测序,研究了韭叶绿体基因组结构、密码子偏好性、简单重复序列、叶绿体基因组的比较和系统发育,以期为韭分子标记开发、种质资源鉴定和开发利用提供参考依据。结果表明：韭叶绿体基因组全长154 056 bp,共注释133个基因,包括tRNA 38个,rRNA 8个,蛋白编码基因87个;韭cpDNA密码子偏爱以A或U结尾,Leu使用频率最高,Cys使用频率最低;在叶绿体基因组中共检测250个SSR位点,其中单核苷酸重复数量最多(164个),六核苷酸重复最少(1个);基因组IR边界未出现明显的扩张和收缩;系统发育分析显示,野韭和韭亲缘关系最近。