| 缺刻缘绿藻FAD基因的序列特征及其相对转录量对氮饥饿的响应 |
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| 引用本文： | 刘凡,李慧,李春阳,欧阳珑玲,周志刚. 缺刻缘绿藻FAD基因的序列特征及其相对转录量对氮饥饿的响应[J]. 中国水产科学, 2012, 19(5): 729-740 |
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| 作者姓名： | 刘凡 李慧 李春阳 欧阳珑玲 周志刚 |
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| 作者单位： | 上海海洋大学水产与生命学院,上海高校水产养殖 E-研究院,上海201306 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(30972243,31172389);国家高技术研究发展计划项目(2009AA064401);上海市教育委员会科研创新项目(09ZZ167);国家海洋局可再生能源专项基金项目(SHME2011SW02);上海市教育委员会海洋生物学重点学科资助项目(J50701) |
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| 摘 要： | 为探讨缺刻缘绿藻(Myrmecia incisa)花生四烯酸(20:4 6,AA)合成过程中一系列脂肪酸去饱和酶(FAD)的作用,本研究克隆了12、6及5 FAD基因的cDNA全长序列(GenBank登录号分别为JN205757、JN205755和JN205756)及其相应的DNA序列。它们的cDNA全长分别为1 806 bp、2 674 bp及2 318 bp,其中ORF长为1 137bp、1 443 bp和1 446 bp,分别编码由378、480和481个氨基酸组成的蛋白;通过其cDNA与DNA序列的比对,发现12、6及5 FAD基因分别具有4、5和7个内含子,其剪切位点均符合"GT-AG"规则。Δ12、Δ6和Δ5 FAD编码蛋白均富含疏水性氨基酸,约占各自氨基酸组成的52.8%、46.6%及50.9%。密码子的偏好性与缺刻缘绿藻其他基因保持一致。推测这3个FAD基因编码蛋白都存在4个跨膜区,而12和5 FAD还各有一个明显不跨膜的疏水区;都具有FAD家族各自相对保守的3个组氨酸簇基序。基于缺刻缘绿藻和其他物种相应的FAD基因编码蛋白序列所构建的Neighbor-joining(NJ)系统进化树,表明Δ12、Δ6、Δ5及ω3 FAD分别隶属于各自的分支,其中,Δ12与ω3 FAD的亲缘关系较近,而Δ6与Δ5 FAD具有较近的亲缘关系。利用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,Q-RT-PCR)分析这3个FAD基因在缺刻缘绿藻缺氮培养96 h后又恢复氮培养72 h过程中的相对转录量,结果表明这3个基因的相对转录量都受到氮信号的调控,它们随着氮饥饿培养时间延长明显上升,而氮恢复培养后迅速并显著地下降到氮饥饿胁迫前的水平。结合已知脂肪酸成分在此过程中的变化,推测这3个基因对缺刻缘绿藻AA的合成和积累都起着重要的作用,而Δ6 FAD的作用可能更关键。
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| 关 键 词： | 缺刻缘绿藻 脂肪酸去饱和酶 基因克隆 实时荧光定量PCR 氮饥饿 |
| 修稿时间： | 2012-10-11 |
Characterization of fatty acid desaturase (FAD) genes in Myrmecia incisa and the effect of nitrogen starvation on their transcription |
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| LIU Fan,LI Hui,LI Chunyang,OUYANG Longling,ZHOU Zhigang. Characterization of fatty acid desaturase (FAD) genes in Myrmecia incisa and the effect of nitrogen starvation on their transcription[J]. Journal of Fishery Sciences of China, 2012, 19(5): 729-740 |
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| Authors: | LIU Fan LI Hui LI Chunyang OUYANG Longling ZHOU Zhigang |
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| Affiliation: | College of Aqua-life Science and Technology,and Aquaculture E-Institute of Shanghai Municipal Education Commission,Shanghai Ocean University,Shanghai 201306,China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Myrmecia incisa fatty acid desaturase(FAD) gene cloning quantitative real-time PCR(Q-RT-PCR) nitrogen starvation |
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