RNA-seq技术鉴定Bt水稻对拟环纹豹蛛肠道基因表达的影响

为了探究Bt水稻对拟环纹豹蛛体内基因表达水平的影响,利用Illumina 2000测序平台对蜘蛛肠道进行转录组测序并分析其基因表达情况,从分子角度揭示Bt水稻的生物安全性。对肠道测序共获得65 028 186条clean reads,经Trinity软件拼接得到135 829条长度大于200bp的Unigene用于整个转录组分析。用FPKM法计算2个样本中基因的表达量,并以负二项分布检验法分析其显著性。结果显示,富集Bt的拟环纹豹蛛体内相对于正常蜘蛛显著差异表达的基因有142个,包括1个下调141个上调,并且其差异表达倍数都在8倍以上(FDR0.05,Log2Ration2)。利用Blast程序将差异基因与COG,GO和KEGG数据库进行比对,对差异基因进行功能注释。注释结果描述的酶、生物学过程和代谢途径与细胞内产能反应相关,如细胞色素c氧化酶,氧化磷酸化等。推测Cry1Ab可能对拟环纹豹蛛体内能量代谢相关基因的表达有一定的影响。

Effect of Bt Rice on Intestinal Gene Expressing of Pardosa pseudoannulata by RNA-seq Identification