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采集了广东、广西、贵州、福建、云南5省区的8个柑橘黄龙病样品，利用黄龙病病原的特异引物对其16SrD—NA片段进行PCR扩增，将其扩增产物纯化、回收，并与pMD18-TVector连接，转化大肠杆菌（Esherichia coli）DH5α，筛选含有黄龙病病原16SrDNA片段的阳性克隆，进行序列测定。利用生物信息学软件对所克隆的序列进行同源性分析和聚类分析．结果表明：来自我国南方5省区的柑橘黄龙病病原16SrDNA的序列与亚洲种（L22532）的同源性为96．9％～98．6％，与非洲种（L22533）的同源性为94．5％～97．1％，与美洲种（AY742824）的同源性为92．5％-94．2％．表明我国南方5省区柑橘黄龙病均属于亚洲种，但在亚洲种内部不同地区的黄龙病病原也发生了微小的变异，其中福建厦门和云南个旧的2个菌株变异较大．