| 油茶转录组测序与SSR特征分析 |
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| 引用本文： | 张震, 许彦明, 陈永忠, 李志钢, 王湘南, 陈隆升, 彭邵锋, 马力, 王瑞, 李美群, 唐炜, 彭映赫. 油茶转录组测序与SSR特征分析[J]. 西南林业大学学报, 2018, 38(6): 63-68.doi:10.11929/j.issn.2095-1914.2018.06.008 |
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| 作者姓名： | 张震 许彦明 陈永忠 李志钢 王湘南 陈隆升 彭邵锋 马力 王瑞 李美群 唐炜 彭映赫 |
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| 作者单位： | 湖南省林业科学院，国家油茶工程技术研究中心，湖南 长沙 410004 |
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| 基金项目： |
摘要:以油茶转录组测序数据为基础，利用MISA软件对SSR进行搜索，并对SSR特征进行分析评价。结果表明：油茶转录组中发现104 515个SSR，分布在80 724条Unigene中，分布密度为1/1.48 kb，平均出现频率为33.58%。主要的核酸重复类型是单核苷酸和二核苷酸，A/T和AG/CT是优势重复基元，重复比例最高的是10次。基序长度主要分布在12~20 bp之间，占总数的51.71%。油茶转录组SSR位点具有显著的数量优势、丰富的类型和较好的多态性潜力。 |
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| 摘 要： | 以油茶转录组测序数据为基础，利用MISA软件对SSR进行搜索，并对SSR特征进行分析评价。结果表明：油茶转录组中发现104 515个SSR，分布在80 724条Unigene中，分布密度为1/1.48 kb，平均出现频率为33.58%。主要的核酸重复类型是单核苷酸和二核苷酸，A/T和AG/CT是优势重复基元，重复比例最高的是10次。基序长度主要分布在12~20 bp之间，占总数的51.71%。油茶转录组SSR位点具有显著的数量优势、丰富的类型和较好的多态性潜力。
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| 关 键 词： | 油茶 转录组 测序 SSR特征 |
| 收稿时间： | 2018-05-11 |
Transcriptome Sequencing and Analysis of SSR Characteristics of Camellia oleifera |
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| Zhen Zhang,Yanming Xu,Yongzhong Chen,Zhigang Li,Xiangnan Wang,Longsheng Chen,Shaofeng Peng,Li Ma,Rui Wang,Meiqun Li,Wei Tang,Yinghe Peng. Transcriptome Sequencing and Analysis of SSR Characteristics of Camellia oleifera[J]. Journal of Southwest Forestry University, 2018, 38(6): 63-68. DOI: 10.11929/j.issn.2095-1914.2018.06.008 |
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| Authors: | Zhen Zhang Yanming Xu Yongzhong Chen Zhigang Li Xiangnan Wang Longsheng Chen Shaofeng Peng Li Ma Rui Wang Meiqun Li Wei Tang Yinghe Peng |
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| Affiliation: | National Engineering Research Center for Oiltea Camellia, Hunan Academy of Forestry, Changsha Hunan 410004, China |
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| Keywords: | |
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