甜瓜SAUR基因家族鉴定及生物信息学分析 |
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引用本文: | 焦莉苹,司修洋,郭子雯,李鹏飞,刘大伟.甜瓜SAUR基因家族鉴定及生物信息学分析[J].中国蔬菜,2023(5):42-55. |
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作者姓名: | 焦莉苹 司修洋 郭子雯 李鹏飞 刘大伟 |
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作者单位: | 1. 东北农业大学植物保护学院;2. 浙江大学农业与生物技术学院 |
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基金项目: | 黑龙江省博士后科研启动金资助项目(LBH-Q19081); |
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摘 要: | SAUR(small auxin-up RNA)为早期生长素应答重要基因家族之一。采用生物信息学方法,对甜瓜SAUR家族基因进行系统地鉴定,并对其基因结构、进化关系、基因复制关系、基因组织表达水平等进行分析。结果表明:在甜瓜基因组中共鉴定出66个SAUR基因,在1号、11号染色体上分布的基因数目较多。通过最大似然法对甜瓜、拟南芥、西瓜、黄瓜SAUR家族基因蛋白氨基酸全长序列构建系统进化树,划分成5个类群,甜瓜与拟南芥的SAUR基因在进化树上更倾向于分布在不同的分支上,而与西瓜、黄瓜的SAUR基因在进化树上更倾向于聚在一起。共鉴定到6个串联重复事件以及11个片段复制基因对;甜瓜SAUR家族基因中有13个基因在6个物种中均可形成基因对。顺式作用元件预测鉴定到8个与非生物和生物胁迫相关的顺式作用元件,10个与植物激素响应相关的顺式作用元件,8个与植物生长发育相关的顺式作用元件。甜瓜SAUR家族基因在不同组织中的表达水平差异较大,在甜瓜不同发育阶段表达亦有所不同。
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关 键 词: | 甜瓜 SAUR基因家族 系统进化树 基因复制关系 表达模式 |
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