药食兼用植物黄蜀葵全长转录组测序及特性分析

旨在从转录组水平解析黄蜀葵体内进行的主要生物进程及黄酮醇化合物合成的分子机制。利用高通量测序PacBio Sequel平台，以黄蜀葵的花、茎和叶的混合样品为材料，使用单分子实时测序技术(SMRT)进行全长转录组测序。测序数据质控后共获得53925条高质量转录本，其中53329个基因被公共数据库注释。共16574个基因注释到138条途径上，其中注释最多的途径为代谢途径（8556个），其次为次生代谢物的生物合成途径（4650个）。有10700个黄蜀葵基因发生了可变剪切事件，存在7种可变剪切类型。预测到3287个转录因子，bHLH转录因子家族的基因最多。检测到5683个SSR位点，且AAG/CCT类型最多。鉴定出黄酮醇合成相关的基因170个，包含10个关键的糖基转移酶基因，且CHS和F3H基因发生了内含子保留型的可变剪切。本研究揭示了黄蜀葵转录组的整体水平及黄酮醇生物合成的相关基因，为后期遗传改良和功能基因挖掘与利用提供了分子基础。