| 利用支持向量机识别miRNA成熟链 |
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| 引用本文： | 吴方丽,金伟波,段 敏.利用支持向量机识别miRNA成熟链[J].西北农林科技大学学报(社会科学版),2009,37(3):219-222. |
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| 作者姓名： | 吴方丽 金伟波 段 敏 |
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| 作者单位： | 吴方丽,WU Fang-li(西北农林科技大学生命科学学院,陕西,杨凌,712100;西北农林科技大学植物保护学院,陕西,杨凌,712100);金伟波,段敏,王保莉,JIN Wei-bo,DUAN Min,WANG Bao-li(西北农林科技大学生命科学学院,陕西,杨凌,712100);曲东,QU Dong(西北农林科技大学资源环境学院,陕西,杨凌,712100)
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| 基金项目： | 国家自然科学基金，陕西省自然科学基金，浙江省生物医学工程重中之重开放基金，西北农林科技大学人才专项基金 |
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| 摘 要： | 【目的】开发一个用于从pre-miRNA上识别其成熟链的miRNA预测程序miR-SVM。【方法】利用支持向量机工具,将pre-miRNA的序列结构特征作为支持向量机工具——LibSVM的输入向量,经Grid程序优化参数后,开发出一个可靠的miRNA成熟链预测程序miR-SVM。【结果】检测结果表明,在miR-SVM人数据集上得到程序的敏感性和特异性分别为83.7%和81.2%。通过杂交验证,获得ROC曲线下的面积约为87.71%,表明研究提出的序列结构特征可以有效地预测pre-miRNA成熟链。此外,用人数据训练出来的miR-SVM程序对其他20个物种的pre-miRNA成熟链进行预测,结果正确识别率为89.2%。【结论】研究开发的miR-SVM程序,成功地预测了pre-miRNA成熟链,检验结果表明,该程序具有良好的推广性,可用于miRNA试验过程中的前期预测分析。
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| 关 键 词： | miRNA 成熟链 预测分析 支持向量机 |
| 收稿时间： | 2008/5/12 0:00:00 |
Idetification of mature microRNA on the precursor using ab initio prediction method |
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| WU Fang-li,JIN Wei-bo,DUAN Min,WANG Bao-li,QU Dong.Idetification of mature microRNA on the precursor using ab initio prediction method[J].Journal of Northwest Sci-Tech Univ of Agr and,2009,37(3):219-222. |
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| Authors: | WU Fang-li JIN Wei-bo DUAN Min WANG Bao-li QU Dong |
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| Institution: | c(a.College of Life Sciences,b.College of Plant Protection,c.College of Resource and Environment,Northwest A&F University,Yangling,Shannxi 712100,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | miRNA |
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