花生GATA基因家族鉴定和表达分析

目的]探究GATA基因家族在花生生长发育和抗旱调控中的作用。方法]通过生物信息学方法鉴定花生GATA家族成员，分析其系统进化、基因结构、组织表达模式，最后结合转录组数据和实时荧光定量PCR技术筛选花生GATA家族响应干旱胁迫的关键基因。结果]本文鉴定到47个GATA类转录因子编码基因，它们不均匀地分布在除2号、4号和14号染色体以外的17条染色体上。理化性质分析表明，该家族属于亲水性蛋白，大部分基因呈酸性，只有Arahy.QG9XFC.1具有信号肽。根据拟南芥家族同源基因聚类分析结果，可将花生GATA家族蛋白分为4个亚家族。其中第Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ亚家族成员的锌指结构域特征模体为C_X2C_X18C_X2C，而第Ⅳ亚家族为C_X2C_X20C_X2C类型。大部分成员在A亚基因组和B亚基因组中呈对称分布，组织表达模式分析显示，超过半数的GATA家族成员在22个组织中表现不同程度的特异性表达。其中第Ⅰ亚家族Arahy.LJYJ4M、Arahy.VS8GG1、Arahy.3S...