‘京红久’忍冬叶绿体基因组微卫星序列特征分析 |
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引用本文: | 张加强,史小华,刘慧春,许雯婷,周江华,朱开元.‘京红久’忍冬叶绿体基因组微卫星序列特征分析[J].分子植物育种,2023(6):1955-1966. |
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作者姓名: | 张加强 史小华 刘慧春 许雯婷 周江华 朱开元 |
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作者单位: | 浙江省园林植物与花卉研究所 |
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摘 要: | ‘京红久’忍冬(Lonicera×heckrottii’Gold Flame’)是一种极具观赏价值的优良藤本,被誉为“最帅的攀援植物”。本研究利用前期测定的‘京红久’忍冬叶绿体基因组序列结果,应用生物信息学软件对其微卫星的分布特征进行了全面分析。结果发现:‘京红久’忍冬叶绿体基因组共有168个微卫星位点,相对丰度和相对密度分别为1 080.82 loci/Mb和10 280.69 loci/Mb,主要分布于大单拷贝区(large single copy regions, LSC)。在微卫星的碱基组成中,以单碱基微卫星为主(占总数的63.10%),其次是三碱基微卫星(占总数的29.17%),二碱基微卫星的数量最少(占总数的2.98%),未检测到五碱基重复序列和六碱基重复序列。同时,以A/T重复为主,占单碱基微卫星的61.90%。在微卫星重复次数中,单碱基微卫星位点序列的重复次数集中在8~17之间,三碱基微卫星的重复次数分布在4~5之间。相关性分析结果表明,微卫星重复序列的数量与长度、相对丰度和相对密度呈极显著正相关。不同物种的叶绿体基因组微卫星重复类型相差较大。本研究结果为‘京红久’忍冬...
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关 键 词: | ‘京红久’忍冬 叶绿体基因组 微卫星 分布特征 |
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