基于流式细胞术和基因组Survey测定药食同源植物赤苍藤的基因组大小

为了解药食同源植物赤苍藤的基因组大小、基本结构特征及确定适合该物种的基因组测序方案，本研究采用流式细胞术，结合基于K-mer分析的全基因组调查和生物信息学，测定和分析赤苍藤基因组。结果表明，流式细胞术估算赤苍藤的基因组大小为2.0～2.2 Gb;Survey分析获得赤苍藤有效数据152 Gb，估计基因组大小约为2 103.11 Mb，杂合率为0.90%，重复序列比例为75.20%，基因组GC含量约为38.50%，推测赤苍藤基因组大小约为2.1 Gb，并初步判断其具有较高的重复序列和杂合率。本研究结果确定了赤苍藤基因组为复杂基因组，可为后续开展全基因测序时的策略选择提供重要参考，为下一步开展全基因组图谱绘制、挖掘重要功能基因提供了有效数据。