基于简化基因组测序的籽叶两用茶树遗传分析

为明确42份籽叶两用茶树资源间的遗传关系，本研究采用双酶切RAD测序技术(ddRAD-seq)对其SNP进行了鉴定。测序数据统计显示：测序质量值Q30的均值为92.43%,GC含量均值为44.04%，共获得28 781 383个高质量SNP，其中纯合突变率均值为25.97%，杂合突变率均值为74.03%，表明其基因组杂合度高；通过SNP变异类型统计发现的6种变异类型以碱基转换为主；基于鉴定到的SNP进行的系统发育树、主成分分析以及遗传结构分析的结果基本一致，结果发现42份资源可以分为2个类群——云南亚种和武夷亚种，两个类群的资源间的亲缘关系较远，遗传多样性差异较大。