辣椒花药转录组SSR位点信息分析及标记开发

为开发高效实用的EST-SSR标记，对辣椒(Capsicum annuum L.)花药样品的转录组进行测序，去冗余后得到44 832条转录本序列。对所有转录本进行SSR分析，共检测出7 189个SSR位点，分布于5 721条转录本上。SSR位点出现频率为16.04%，平均每7.90 kb检出1个SSR位点。分析SSR位点特征发现，97.80%的SSR重复序列长度在10～30 bp之间，单核苷酸和三核苷酸为主要重复基元类型，各占SSR总数的45.31%和35.99%；全部SSR位点共有159种重复基元，除单核苷酸重复外，AG/CT、AAG/CTT为优势重复基元，分别占SSR总数的9.72%和8.43%。随机选择29对EST-SSR引物在8个供试辣椒自交系中进行扩增发现，引物有效性为93.10%，多态率为17.24%。本研究中开发的EST-SSR标记可为辣椒的种质资源遗传多样性分析、分子标记辅助育种等提供支持。