芜菁PIN基因家族的鉴定与生物信息学分析

芜菁(Brassica campestris L. ssp. rapifera Matag syn. B. rapa L.)是十字花科芸薹属园艺作物，其下胚轴和主根膨大形成肉质直根。PIN (Pin-formed)是一种植物特异性蛋白，作为生长素的输出载体，介导生长素的极性运输形成生长素不对称分布，从而在植物生长发育过程中起重要作用，然而目前在芜菁中还缺乏对PIN蛋白的系统研究。本研究基于芜菁及其他植物基因组，结合芜菁和普通白菜下胚轴不同发育时期转录组数据，通过生物信息学方法，对芜菁PIN基因家族进行了鉴定，并进行了蛋白结构及基因结构分析、系统发育分析、共线性分析和表达分析。结果表明，芜菁中共有13个BcPIN，数量多于拟南芥和甜菜，但略少于萝卜、胡萝卜和水稻；不同物种间同种类PIN基因数量存在差异；芜菁PIN家族与拟南芥、萝卜PIN家族基因进化关系较近，与水稻PIN家族基因关系较远，分布在4条染色体上，包括7个共线性基因对；BcPINs启动子含有多种顺式作用元件，受多种信号调控，但不同BcPINs的顺式元件种类存在差异；BcPINs的氨基酸个数在270～661之间，分子量在29.81...