| 湖北山楂叶绿体基因组密码子偏好性分析 |
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| 引用本文： | 吴学俊,梁湘兰,易子群,罗秋香,张鹏,郭松,覃逸明.湖北山楂叶绿体基因组密码子偏好性分析[J].分子植物育种,2023(8):2508-2516. |
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| 作者姓名： | 吴学俊 梁湘兰 易子群 罗秋香 张鹏 郭松 覃逸明 |
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| 作者单位： | 1. 广西科技师范学院食品与生化工程学院;2. 金秀瑶族自治县瑶医医院;3. 广西科技师范学院特色瑶药资源研究与开发重点实验室 |
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| 摘 要： | 为探究湖北山楂叶绿体基因组密码子的偏好性及偏好性的成因，本研究以湖北山楂叶绿体基因组中的53条CDS为研究对象，具体使用了Codon W 1.4.2和在线软件CUSP进行ENC-plot、PR2-plot和中性绘图等进行分析。结果表明，湖北山楂叶绿体基因组中密码子GC含量为GC1(46.99%)>GC2(39.45%)>GC3(28.37%)，有效密码子数(ENC)值大于45的有40个。相对同义密码子使用度(RSCU)分析结果表明，有32个密码子的RSCU>1，其中以A和U结尾的有29个，说明湖北山楂叶绿体基因组A/U使用的频率较高。中性绘图分析发现，GC3与GC1、GC2的相关性不显著，说明密码子偏好性的成因主要是受选择因素的影响。通过中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot分析得到主要结论：选择作为主要因素影响着湖北山楂叶绿体基因组密码子的偏好性。此外，通过构建的高低基因表达库最终确定12个最优密码子：UAG、UUC、GU...
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| 关 键 词： | 湖北山楂 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子 |
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