基于丝瓜全基因组序列SSR分子标记开发

为研究高效的丝瓜分子标记，本研究根据已报道的有棱丝瓜和普通丝瓜全基因组序列信息，利用MISA 2.1软件对丝瓜全基因组水平的SSR位点进行搜索，分别在有棱丝瓜和普通丝瓜中鉴定到341 829个和348 397个SSR位点，发生频率分别为2.20 kb/SSR和2.03 kb/SSR。有棱丝瓜和普通丝瓜重复单元最多的均为单核苷酸，分别占总数的73.90%和74.21%，其次为二核苷酸和三核苷酸重复单元。在有棱丝瓜和普通丝瓜中各鉴定到211种SSR重复基序，其中A/T、AT/AT、AG/CT和AAT/ATT重复基序类型出现频率最高。优选SSR位点，分别在有棱丝瓜和普通丝瓜中开发了278 522和284 966对SSR引物。通过比对两个基因组的SSR引物序列与自身的参考基因组，获得在有棱丝瓜和普通丝瓜中具有序列大小差异的SSR引物955对，随机挑选其中64对引物在6份表型差异较大的丝瓜材料中进行引物有效性检测，其中61对引物有目的条带扩出，16对引物具有多态性。本研究在丝瓜全基因组水平所开发的SSR分子标记可为后续丝瓜种质资源鉴定、亲缘关系分析及分子标记辅助育种提供基础。