基于GBS测序的不同来源菊花种质遗传结构分析

菊花(Chrysanthemum morflorium)是中国十大传统名花，也是世界四大切花之一，观赏和经济价值极高。本研究基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)检测，对菊花种质资源进行基因分型测序(genotyping-by-sequencing, GBS)来研究菊花的群体遗传结构和亲缘关系。以分别来自中国、日本和荷兰的136份菊花为材料，通过DNA提取、文库构建、测序、酶切后比对到参考基因组，然后进行SNP检测，对进化树、主成分和群体遗传结构进行分析。本研究共得到有效数据183.877 Gb，每个样本所得tag数均大于294 000；有效测序数据的reads数比对到参考基因组上的reads数的比对率在82.95%～94.61%之间，每个样本的平均测序深度在9.68～15.11之间。进化树构建结果发现136份菊花可被分为2个类群，不同来源的菊花主要聚集在不同的类群上，主成分分析和群体遗传结构结果与此结果一致。通过本研究可以明确不同来源的菊花品种的遗传背景和亲缘关系，对菊花优良种质的挖掘和育种效率的提高具有重要意义。