百合LdGASA1基因克隆与生物信息学及表达分析 |
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引用本文: | 李雪艳,胡新颖,白一光,王伟东,周俐宏,赵统利,杨迎东,刘威生.百合LdGASA1基因克隆与生物信息学及表达分析[J].分子植物育种,2023(14):4579-4586. |
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作者姓名: | 李雪艳 胡新颖 白一光 王伟东 周俐宏 赵统利 杨迎东 刘威生 |
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作者单位: | 1. 辽宁省农业科学院花卉研究所;2. 连云港市农业科学院花卉研究中心;3. 辽宁省农业科学院果树研究所 |
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基金项目: | 辽宁省自然科学基金项目(2019-ZD-0379); |
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摘 要: | 本研究从百合小鳞茎发育不同阶段蛋白质组数据中,筛选出调控鳞茎发育的上调表达基因LdGASA1,对其进行克隆、生物信息学分析及表达分析。序列分析显示LdGASA1基因全长725 bp,编码区CDS序列为336 bp,编码111个氨基酸。结构域分析显示,LdGASA1第52至第111个氨基酸含有一个典型的GASA保守结构域。其理化性质分析显示,编码蛋白质理论等电点(pI)为9.1,不稳定系数为35.14,属于稳定的疏水性蛋白,亚细胞定位预测该蛋白最可能定位在细胞质中,其二级结构主要为无规则卷曲(65.86%)和α-螺旋(22.52%),另外含有少量延伸链(12.60)和β-折叠(9.01%)。通过RT-qPCR分析发现LdGASA1基因在小鳞茎出现前表达量相对较低,主要在小鳞茎形态建成和发育阶段表达,且在小鳞茎形态基本建成(35 d)时表达量达到最高。本研究结果为探索GASA基因调控百合生长发育的机制打下基础。
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关 键 词: | 百合 鳞茎发育 GASA基因 生物信息学分析 表达分析 |
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