玉米KNOX基因家族鉴定及表达分析

KNOX基因家族存在于大部分植物体中，是同源异型盒基因家族的一类，其编码的转录因子参与调控植物的模式形成、形态建成等生理活动。用含有KNOX结构域的隐马尔可夫模型文件(PF03790, PF03791)作为探针结合Hmmsearch软件，对玉米(Zea mays L.)基因组中KNOX家族成员进行了鉴定，并对其理化性质、亚细胞定位、系统进化树、基因在染色体定位、顺式作用元件和组织特异性表达模式进行了分析。通过hmmer搜索鉴定出16个玉米KNOX基因，其蛋白的氨基酸数在154～484之间，分子量在16.3～52.9 kD之间，等电点在4.33～7.74之间，其成员基因主要位于细胞核。根据玉米和拟南芥KNOX基因进化树分析，可将其分为2个进化分支。染色体定位结果表明，玉米KNOX基因家族的16个家族成员分布于9条不同染色体。1号染色体(Chr.01)分布6个成员，其中2个成员基因为串联重复基因。除ZmKNOX8和ZmKNOX9外，所有成员启动子区域都存在多个响应激素、光和逆境信号的cis-element。此外，ZmKNOX14和ZmKNOX15在嫩叶中表达量最高，可能与玉米叶细胞中次生细...