| 基于转录组的剑麻SSR标记开发与筛选 |
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| 引用本文： | 张燕梅,李俊峰,杨子平,鹿志伟,陆军迎,周文钊.基于转录组的剑麻SSR标记开发与筛选[J].热带作物学报,2021,42(5):1261-1266. |
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| 作者姓名： | 张燕梅 李俊峰 杨子平 鹿志伟 陆军迎 周文钊 |
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| 作者单位： | 中国热带农业科学院南亚热带作物研究所/湛江市热带作物遗传改良重点实验室,广东湛江 524091 |
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| 基金项目： | 广东省甘蔗剑麻产业技术体系创新团队(2019KJ104-03);国家麻类产业技术体系项目(CARS-16);中国热带农业科学院基本科研业务费专项资金(1630062019021) |
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| 摘 要： | 本研究基于剑麻转录组测序获得的70 110条Unigene序列,采用MISA 1.0软件查找SSR位点,利用Primer 3.0设计SSR引物,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对其中的100对SSR引物有效性进行验证。总计获得了13 175个SSR位点,SSR的分布频率为15.61%。70 110条Unigene序列总计包括60种重复基元,其中单核苷酸重复为主导重复类型（37.96%）,其次是二核苷酸重复和三核苷酸重复,比例分别为32.92%和27.90%,四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸重复所占比例总计为1.21%。A/T、AG/CT和AGG/CCT分别为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复的优势基元。100对SSR引物中有68对引物可扩增出目标产物,其中18对引物在6份剑麻种质中表现出多态性,该结果为利用SSR分子标记技术开展剑麻种质资源鉴定、遗传多样性分析等奠定基础。
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| 关 键 词： | 剑麻 转录组测序 SSR |
| 收稿时间： | 2020-05-31 |
SSR Marker Development and Primer Screening from the RNA-Seq Data of Sisal |
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| ZHANG Yanmei,LI Junfeng,YANG Ziping,LU Zhiwei,LU Junying,ZHOU Wenzhao.SSR Marker Development and Primer Screening from the RNA-Seq Data of Sisal[J].Chinese Journal of Tropical Crops,2021,42(5):1261-1266. |
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| Authors: | ZHANG Yanmei LI Junfeng YANG Ziping LU Zhiwei LU Junying ZHOU Wenzhao |
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| Institution: | South Subtropical Crops Research Institute,Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences / Zhanjiang City Key Laboratory for Tropical Crops Genetic Improvement, Zhanjiang, Guangdong 524091, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | sisal RNA-seq simple sequence repeats |
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