| 转录组学技术在水产动物研究中的运用 |
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| 引用本文： | 黄勇, 龚望宝, 陈海刚, 熊建利, 孙西红. 基于RNA-Seq高通量测序技术的大口黑鲈转录组分析[J]. 南方水产科学, 2019, 15(1): 106-112. DOI: 10.12131/20180066 |
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| 作者姓名： | 黄勇 龚望宝 陈海刚 熊建利 孙西红 |
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| 作者单位： | 1.河南科技大学动物科技学院，河南 洛阳 471023;2.中国水产科学研究院珠江水产研究所，广东 广州 510380;3.中国水产科学研究院南海水产研究所，广东省渔业生态环境重点实验室，广东 广州 510380 |
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| 基金项目： | 国家科技支撑计划项目 (2012BAD25B04)；河南省自然科学基金项目 (162300410069)；河南省高等学校重点科研项目 (16A240002)；广东省渔业生态环境重点实验室开放基金 (LFE-2016-13) |
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| 摘 要： | 文章以大口黑鲈(Micropterus salmoides)组织作为研究对象，利用RNA-seq技术进行转录本测序和数据分析，经拼接组装，最终获得35 659条unigenes，序列平均长度738 bp，序列长度中位数 (N50)为1 052 bp。另外从长度分布与GC含量等方面对unigenes进行评估，数据显示测序质量好、可信度高。使用6大数据库 (KOG、Nr、Pfam、Swiss-Prot、GO和KEGG) 注释大口黑鲈转录组unigenes，分别对应有15 832、21 279、14 524、16 973、15 024和11 185条unigenes获得注释。其中，5 617条unigenes在以上所有数据库中同时注释成功，17 253条unigenes至少被一个数据库注释。KEGG分析结果显示，获得注释的11 185条unigenes被划分到267个代谢通路中，参与信号转导通路的unigenes数量最多，共有1 349条(12.06%)。另外还检测到4 030个微卫星 (SSR)位点。通过对大口黑鲈转录组测序，获得了大量的转录组信息，为大口黑鲈的功能基因克隆、基因组学、遗传多样性分析、分子标记开发及遗传改良等研究奠定了基础。
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| 关 键 词： | 大口黑鲈 转录组 unigenes 基因注释 |
| 收稿时间： | 2018-04-10 |
| 修稿时间： | 2018-06-15 |
Exploring single nucleotide polymorphism (SNP), microsatellite (SSR) and differentially expressed genes in the jellyfish (Rhopilema esculentum) by transcriptome sequencing |
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| HUANG Yong,GONG Wangbao,CHEN Haigang,XIONG Jianli,SUN Xihong. Exploring single nucleotide polymorphism (SNP), microsatellite (SSR) and differentially expressed genes in the jellyfish (Rhopilema esculentum) by transcriptome sequencing[J]. South China Fisheries Science, 2019, 34(1): 106-112. DOI: 10.12131/20180066 |
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| Authors: | HUANG Yong GONG Wangbao CHEN Haigang XIONG Jianli SUN Xihong |
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| Affiliation: | 1.College of Animal Science and Technology, Henan University of Science and Technology, Luoyang 471003, China;2.Pearl River Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Guangzhou, 510380, China;3.Guangdong Provincial Key Laboratory of Fishery Ecology and Environment, South China Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Guangzhou 510380, China |
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| Abstract: | |
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