| 利用转录组测序开发甘蔗SNP分子标记 |
| |
| 引用本文： | 胡小文,孔冉,刘洋,徐志军,苏俊波. 利用转录组测序开发甘蔗SNP分子标记[J]. 南方农业学报, 2022, 53(9): 2527-2536. DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2022.09.015 |
| |
| 作者姓名： | 胡小文 孔冉 刘洋 徐志军 苏俊波 |
| |
| 作者单位： | 1. 中国热带农业科学院南亚热带作物研究所, 广东湛江 524000;2. 中国热带农业科学院湛江实验站, 广东湛江 524000;3. 嘉兴职业技术学院, 浙江嘉兴 314036 |
| |
| 基金项目： | 国家重点研发计划项目(2020YFD1000600)中国热带农业科学院糖能兼用甘蔗新品种试验示范基地运行费(2022)湛江市科技计划项目(2018A01020)中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(1630102020002) |
| |
| 摘 要： | 【目的】利用转录组测序开发甘蔗SNP分子标记，为甘蔗建立一种高效和低成本的分子标记开发方法。【方法】以40个甘蔗栽培品种为试验材料，使用高通量测序平台获得其转录组数据，经质控后将其匹配到参考基因组，然后使用GATK软件检测和过滤SNP分子标记，并使用snpEff对SNP进行注释及统计分析。利用这些SNP分子标记进行系统发生分析、主成分分析和群体结构分析。最后，开发KASP标记并随机验证其有效性。【结果】转录组数据经质控后平均每个样本获得6.5 Gb的序列。通过变异分析和多重过滤筛选后，共获得220397个注释到染色体上的双等位基因SNP位点，平均密度为3 SNP/kb。SNP类型及分布特征分析结果表明，编码区错义突变与沉默突变的比值（N/S）为1.05，转换类型和颠换类型的比值（Ts/Tv）为1.89，杂合SNP占38.66%～49.91%，位于转录本的SNP比例为44.74%。系统发生分析、主成分分析和群体结构分析结果均表明，甘蔗栽培品种遗传来源较为单一，但群体分化较大。开发了11176个KASP分子标记，并随机合成25组KASP引物进行多态性验证，共有23组（92%）引物能检测到扩...
|
| 关 键 词： | 甘蔗 SNP分子标记 转录组 开发 主成分分析 群体结构分析 |
| 收稿时间： | 2022-03-21 |
SNP molecular marker development based on sugarcane transcriptome sequencing |
| |
| HU Xiao-wen,KONG Ran,LIU Yang,XU Zhi-jun,SU Jun-bo. SNP molecular marker development based on sugarcane transcriptome sequencing[J]. Journal of Southern Agriculture, 2022, 53(9): 2527-2536. DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2022.09.015 |
| |
| Authors: | HU Xiao-wen KONG Ran LIU Yang XU Zhi-jun SU Jun-bo |
| |
| Affiliation: | 1. South Subtropical Crops Research Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Zhanjiang, Guangdong 524000, China;2. Zhanjiang Experiment Station, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Zhanjiang, Guangdong 524000, China, Jiaxing, Zhejiang 314036, China;3. Jiaxing Vocational and Technical College, Jiaxing, Zhejiang 314036, China |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | |
|
| 点击此处可从《南方农业学报》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《南方农业学报》下载免费的PDF全文 |
|
