小果甜柿果实转录组的SSR、SNP和InDel特征分析

【目的】对小果甜柿果实转录组中的SSR、SNP和InDel位点进行分析，为开发中国甜柿特异性分子标记、早期鉴定和遗传多样性分析奠定基础。【方法】以中国甜柿传统小果类型种质为材料，在果实发育的5个时期采样，抽提RNA，采用MISA和GATK3软件对小果甜柿果实转录组进行SSR、SNP和InDel位点特征分析。【结果】在小果甜柿果实转录组中共发现42 427个SSR位点，分布于26 928条unigenes上，发生频率为31.52%；在重复基元类型中，单碱基重复数量最多，六碱基重复最少，其中出现频率最高的基元为A/T，占总SSR数量的40.91%；各类型重复基元的重复次数集中在5～20次，SSR序列长度介于10～74 bp。共检测到1 070 614个SNP位点和167 924个InDel位点，其中SNP位点平均每kb出现11.46个，InDel位点平均0.556 kb出现1个，且均以含1个位点的unigenes数最多。【结论】小果甜柿转录组中SSR、SNP和InDel位点丰富，具有潜在较高的多态性，有助于后续中国甜柿特异性分子标记的开发。