月月竹竹秆变色后全长转录组分析

为探究月月竹竹秆受到光照由绿色变为紫色的分子机制，本研究采集月月竹同一竹节紫色部分(Z)、渐变部分(M)和绿色部分(L)的竹青，提取RNA,利用PacBio Sequel三代全长转录组测序技术，结合生物信息学方法对不同颜色的竹青进行全长转录组分析。结果表明，经过三代测序和数据质量控制，共获得非冗余转录本66 961条，长度为500～3 000 bp,平均长度1 389.22 bp,序列总长度为93.02 Mbp,N50为1 830 bp, G+C碱基含量为49.56%。利用NR、Swiss-Prot、COG、GO、KEGG和Pfam数据库对所有转录本进行功能注释，共有56 938条转录本被成功注释，占全部转录本的85.03%;49 115条转录本被GO注释，其中催化活性、细胞器、代谢过程分别是GO数据库分子功能、细胞组分和生物过程中含转录本最多的项目；28 231个转录本被KEGG数据库注释，其中与碳水化合物代谢和基因翻译相关的转录本最多。结合GO注释和KEGG注释，66 961条转录本中有381条转录本与光信号的感受、传递以及光调控相关，包括红光和远红光的受体蛋白PHYA、PHYB及...