| 基于PacBio三代测序的高质量汶上芦花鸡基因组的组装 |
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| 引用本文： | 薛倩,邢伟杰,李国辉,周成浩,张会永,殷建玫,蒋一秀,朱云芬,韩威.基于PacBio三代测序的高质量汶上芦花鸡基因组的组装[J].中国畜牧兽医,2023(10):3869-3881. |
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| 作者姓名： | 薛倩 邢伟杰 李国辉 周成浩 张会永 殷建玫 蒋一秀 朱云芬 韩威 |
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| 作者单位： | 1. 江苏省家禽科学研究所科技创新有限公司;2. 江苏省家禽科学研究所 |
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| 基金项目： | 江苏省自然科学基金面上项目(BK20221285)； |
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| 摘 要： | 【目的】汶上芦花鸡为中国唯一的芦花羽地方鸡品种资源，芦花基因可伴性遗传，芦花羽性状可用于雏鸡的自别雌雄。试验旨在丰富家鸡基因组信息，获取汶上芦花鸡全基因组序列，为鸡伴性芦花羽分子机制研究提供材料。【方法】以汶上芦花鸡为试验动物，基于BGI MGISEQ构建小片段文库进行基因组特征评估，利用PacBio三代测序技术、Hi-C技术组装及构建汶上芦花鸡全基因组信息数据库，利用生物信息学方法对获得的基因组序列进行组装和功能注释。【结果】试验共获得BGI二代测序数据量59.70 Gb;获得PacBio三代测序数据量31.13 Gb, reads平均长度为15 362 bp;获得Hi-C数据量95.37 Gb;拼接和初步组装得到基因组大小为1.12 Gb,经Hi-C辅助组装后，共有1.07 Gb的序列挂载到41条染色体上，挂载率95.62%,基因组contigs N50为9.61 Mb, scaffold N50为91.29 Mb, BUSCO评估为98.50%,基因组连续性和完整度良好；预测基因组有22.57%的重复序列，有426个tRNAs、56个rRNAs、260个miRNAs和308个sn...
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| 关 键 词： | 汶上芦花鸡 基因组组装 PacBio三代测序技术 基因组注释 Z染色体 伴性芦花羽 |
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