1株鸭疫里默氏杆菌的全基因组测序及耐药性与遗传进化分析

【目的】了解鸭疫里默氏杆菌的耐药性、基因组结构与遗传变异程度，为鸭疫里默氏杆菌耐药性与基因组研究提供参考。【方法】本研究对1株从病死鸭脑组织分离的鸭疫里默氏杆菌疑似菌株进行了PCR鉴定、耐药性检测及全基因组框架图测序，并基于16S rDNA与管家基因对其进行了遗传进化分析。【结果】测序数据经过质控与过滤后成功组装为1个包含38个contigs的基因组框架，使用Abricate软件、CARD在线数据库共检测出6种不同的耐药基因，其中4种与耐药表型符合；将基因序列提交至MLST数据库，发现了一种新ST型，定为ST93。构建的16S rDNA和管家基因进化树结果表明，分离菌株与2株鸭疫里默氏杆菌具有较近的亲缘关系。【结论】分离鉴定得到1株鸭疫里默氏杆菌，该菌株为多药耐药菌株，其基因组中携带多个耐药基因；鸭疫里默氏杆菌的基因变异程度较大，且存在跨区域流行传播风险。在临床用药时应注意合理用药，及时监控抗性基因的水平转移，防止鸭疫里默氏杆菌跨区域流行。