| 苹果Hsf家族成员的序列特征、表达与进化分析 |
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| 引用本文： | 张国俊,王婷婷,胡利宗,李书粉,高武军. 苹果Hsf家族成员的序列特征、表达与进化分析[J]. 华北农学报, 2017, 32(2). DOI: 10.7668/hbnxb.2017.02.012 |
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| 作者姓名： | 张国俊 王婷婷 胡利宗 李书粉 高武军 |
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| 作者单位： | 1. 新乡医学院 基础医学院,河南 新乡 453003;河南师范大学 生命科学学院,河南 新乡 453007;2. 漯河职业技术学院 食品工程系,河南 漯河,462000;3. 河南师范大学 生命科学学院,河南 新乡,453007 |
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| 摘 要： | 为全面了解苹果基因组中热激转录因子(Hsf)的序列特征及进化,采用生物信息学手段,在苹果全基因组水平上鉴定出50个MdHsf基因,并对其系统发育关系、序列特征、表达情况以及选择压力进行详细分析。系统发育与序列分析显示:与拟南芥和水稻相似,50个MdHsf基因可分为A、B、C 3个亚族;2个或多个MdHsf基因位于同一个末端进化支,说明该基因家族在苹果中发生了物种特异性扩增;尽管MdHsf基因的内含子数目和长度变异较大,但其蛋白的保守基序和功能结构域具有较高的保守性,这可能与功能约束有关。基于EST数目,可推知:除了MdHsfA2a和MdHsfA3a/b/c等14个基因没有相应的EST外,其余72%的基因都有转录活性。选择压力检测和结构建模分析显示:在36个MdHsf蛋白的选择压力检测中,位点模型未鉴定到正选择位点的存在;而在显著水平下(P0.05),分支-位点模型在d和e进化分支上,共检测到5个正选择位点,它们是28R、30L、35D、51M、67V,其中28R和30L位于Hsf结构域中,35D、51M和67V位于Hsf结构域之外,这说明除了MdHsfA4d/e和MdHsf C1a/b发生快速进化外,其他成员受控于纯净选择,具有高度保守性。综合以上研究结果,苹果基因组中存在多种热激转录因子,其蛋白的保守基序和功能结构域具有较高保守性,大多具有转录活性,在进化上该家族受纯净选择主导。
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| 关 键 词： | 苹果 热激转录因子 表达 进化 |
Sequence Characterization,Expression,and Evolutionary Analysis of Heat Shock Transcription Factors in Apple |
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| ZHANG Guojun,WANG Tingting,HU Lizong,LI Shufen,GAO Wujun. Sequence Characterization,Expression,and Evolutionary Analysis of Heat Shock Transcription Factors in Apple[J]. Acta Agriculturae Boreali-Sinica, 2017, 32(2). DOI: 10.7668/hbnxb.2017.02.012 |
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| Authors: | ZHANG Guojun WANG Tingting HU Lizong LI Shufen GAO Wujun |
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