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牛乳腺EST分析和牛基因索引功能的注释
作者姓名:姚平  赵兴波
作者单位: 
摘    要:乳腺功能基因组学研究需要收集一些合适的cDNA序列来对各种亚细胞不同发育和运作阶段的基因表达形式进行评估。为了更好的捕捉基因表达的范围,我们用混合的牛乳腺细胞建立了1个标准化的cDNA文库,产生了23202个EST,存放的基因库中。这些在牛基因索引中带有序列的EST集形成当前23883个试验性分析序列中的5751个。5751个中的87%仅含有1-3个乳腺来源EST。相反,18%的乳腺EST有12个基因与TC序列相似,这些结果说明标准化文库仅有部分作用,因为EST中,能在泌乳过程中大量转录的基因的减少可能是由于合并引起的。为了更好的评价乳腺文库中的新内容,并把它们增加到现存的注释中(包括牛序列元件、基因一致性序列和人类基因组序列),我们对人和鼠基因诱变和在TOGA的基因非线性化进行测试,并把其结果增加到现有BtGI注释中。35000多个牛元件明显超过了人类基因组序列,而且一些与人类表达序列相关的排列(3%)的位置是独立的。由于3445TC序列与任何数据无明显相似性,代表这些元件中的23种乳腺源cDNA克隆被进一步进行分析用于表达和新异。其只驻有一个克隆符合标准,这相相应基因是一个分化的异端或表达对牛来说是特异的。结果说明,用作标志哺乳动物的转座轴和鉴定这些基因的牛序列表达数据仅针对反刍动物。

关 键 词:牛乳腺EST分析 CDNA文库 乳腺功能基因组学 基因表达 反刍动物
本文献已被 CNKI 维普 万方数据 等数据库收录!
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