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玉米农艺性状配合力全基因组关联分析和预测
作者姓名:马娟  刘京宝  朱卫红  黄璐  宇婷  乔江方
作者单位:河南省农业科学院粮食作物研究所,河南郑州 450002
基金项目:河南省科技攻关项目(222102110043);;国家重点发计划课题(2021YFD1200704-2);
摘    要:一般配合力(GCA)是评价亲本自交系利用价值的一个重要指标。为解析玉米配合力遗传机理,以NCII遗传交配设计获得的537份杂交组合为材料,结合玉米5.5K液相育种芯片的11 734个高质量单核苷酸多态性(SNP)标记,采用7种多位点全基因组关联分析(MGWAS)方法挖掘新乡、周口和综合环境穗行数、粒长和粒宽GCA显著关联位点,并在MGWAS研究基础上利用5种基因组选择方法对GCA效应开展预测研究。结果表明,共检测到46个SNPs与穗行数以及2个籽粒性状GCA显著关联(P<8.52×10-7),其中10个位点被2~5种MGWAS方法同时检测到,8个SNPs被至少2个环境共定位。6个SNPs(1_43440622、2_69742504、2_71037706、2_197716855、5_219239213和8_134634317)为环境稳定和MGWAS方法稳定重叠的位点,是控制穗行数和籽粒性状GCA效应的重要位点。穗行数和粒宽GCA利用5种随机效应模型取得较高的预测准确性,为0.62~0.74,粒长GCA基因组预测精度较低,为0.28~0.45。3个环境中,多数情况下将不同MGWAS挖...

关 键 词:一般配合力  多位点全基因组关联分析  基因组选择
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