樟叶木防己叶绿体基因组特征分析

为探讨樟叶木防己(Cocculus laurifolius)叶绿体基因组特征及与同科属叶绿体基因组的系统发育关系。采用Illumina HiSeq 4000平台对樟叶木防己进行测序、组装和注释，并对其序列特征、密码子偏好性、重复序列、简单重复序列、系统发育进行分析。结果表明，樟叶木防己叶绿体基因组呈典型的四分体结构，总长度为157 961 bp，包括大单拷贝区长度为89 173 bp，小单拷贝区长度为20198bp，反向互补重复区长度为24295 bp；共有基因129个，其中蛋白质编码基因85个，tRNA基因36个和rRNA基因8个；密码子偏好性分析表明，亮氨酸(Leu)的密码子数量最多(4 920个)，而半胱氨酸(Cys)的密码子数量最少(568个)；从樟叶木防己叶绿体基因组中共检测出26个长重复序列及65个SSR位点；系统发育分析表明，樟叶木防己与粉防己(Stephania tetrandra)聚为一支，亲缘关系最密切。本研究为防己科和木防己属分子标记、物种鉴定、亲属关系解析、遗传多样性分析等研究提供科学依据。