基于BSA-seq的甜瓜抗枯萎病相关基因的定位与候选基因的注释

为挖掘甜瓜抗枯萎病相关基因，本研究以高抗枯萎病自交系YN为母本，高感枯萎病自交系CG为父本构建F₂群体，基于F₂群体分别构建极端高抗混池和高感混池，对子代混池和双亲池开展30×覆盖深度的全基因组重测序，通过计算2个子代池的SNP-index，比较SNP-index在高抗池与高感池染色体各区段的差异，定位与抗病性的关联区域，根据基因注释信息，预测候选基因。结果表明4个样本获得的SNP位点和InDel分别在91万～250万个之间和17万～45万个之间。基于SNP-index关联分析，在99%的置信区间内将候选区域定位到甜瓜染色体Chr.9的1个区间，总长度为1.37 Mb，位于1～1 370 000 bp区间，包含197个基因，SNP-inDel位点数7 442个。通过对候选区域内的基因进行KEGG、GO数据库分析发现，候选基因分别被注释到18个生物学进程、9个细胞组分和6个分子功能中；主要参与氨基酸生物合成、氨基酸代谢、酯类代谢、糖类代谢等，经分析在候选区域内与抗病性相关的基因共有22个，3个与F-box基因相关，3个水解蛋白相关基因，4个乙烯...