赤霉素(GA3)处理羊草种子转录组SSR序列特征分析

为探究羊草种子休眠特性，对赤霉素处理后的羊草种子进行转录组测序，共检测到了37 208条Unigene，序列总长为40 055 874 bp，并使用MISA软件对所有的Unigene进行SSR搜索，共检测到3 771个SSR位点，每10.6 kb就会出现一个SSR位点。重复基元类型从单核苷酸至六核苷酸类型均有出现，重复基元以三核苷酸为主，占比56.91%，其次为二核苷酸，占比24.71%。在155种重复基元中，重复基元数量以CCG/CGG类型最多，占比为18.38%，其次为AG/CT，占比14.35%。SSR重复次数主要集中在4～8次，数量为3 076个，占比81.57%。SSR长度范围为12～259 bp，主要集中在12～24 bp，其中SSR长度≥20 bp的高多态性SSR数量为1 017个，占比26.97%。本研究有助于羊草的遗传多样性及分子育种研究。