基于野鸦椿转录组测序的SSR多态性分析

为推动野鸦椿(Euscaphis japonica)遗传多样性研究，以福建乡土树种野鸦椿的转录组序列为基础，对野鸦椿SSR位点进行挖掘。结果表明：通过MISA软件从野鸦椿169 224条Unigenes序列检测出47725个SSR位点，分布于38 802条Unigene中，出现频率为28.20%，平均分布距离为2.46 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸，分别占总SSR位点的70.27%、18.98%和8.81%。47 725个SSR位点由100种重复基序构成，A/T、AT/AT、AAT/ATT分别是单核苷酸及二、三核苷酸的优势重复基元，分别占总SSR重复类型的70.17%、8.46%和3.12%。基因GO功能分类表明，含有SSR位点的野鸦椿转录组基因被富集到3个Ontology类别的56个GO Term中，生物学过程涉及的GO Term最多，有25个。利用Primer 3.0对SSR序列设计引物26 554对，成功率为55.64%。野鸦椿转录组SSR位点丰富，分布密度大，具有较高的多态性潜能，可作为开发SSR标记的有效来源，为野鸦椿遗传多样性研究、品种鉴定、分子辅助育种...