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基于转录组的君迁子SSR特点分析
作者姓名:张晓娜  王滢滢  周瑞金  扈惠灵  张鹏  汪显友
作者单位:1. 河南科技学院园艺园林学院;2. 河南省园艺植物资源利用与种质创新工程研究中心
基金项目:河南省自然科学基金项目(162300410108);;河南省科技攻关计划项目(192102110069)共同资助;
摘    要:为全面了解君迁子简单重复序列(SSR)的分布特点,开发更多的SSR分子标记,本研究对君迁子叶片转录组中Unigenes进行了SSR分析。结果表明,测序共获得93 359条Unigenes,总长度为75 880 230 bp,分析共得到13 751个SSR位点,分布在10 001条Unigenes上,发生频率为10.71%,分布频率为14.73%,平均每5.5 kb出现1个SSR位点。君迁子SSR主要以单、二核苷酸SSR为优势SSR(5 483, 5 118),所占比例分别为39.87%、37.22%,其次是三核苷酸SSR(2 010, 14.62%)。单核苷酸SSR主要以A/T类型为主(4 989,36.27%),二、三核苷酸SSR出现次数最多的分别是AG/CT(3 352, 24.38%)和AAG/CTT(842, 6.12%),四、五、六核苷酸SSR数目较少,仅占总SSR的1.6%。SSR基序长度主要位于10~20 bp之间(88.73%)。共发现181 951个SNP位点,其发生频率为0.24%,主要以同类碱基转换形式(A/G, G/A, T/C, C/T)存在,共占64.83%...

关 键 词:君迁子  转录组  简单重复序列
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