柳属ARF家族的鉴定及生物信息学分析

ARF是一类存在于植物中的转录因子。通过与生长素应答基因启动子结合的方式，广泛作用于植物的生长发育，然而，柳属中的ARF家族成员的研究还未见报道。本研究根据拟南芥、番茄、水稻、毛果杨、杞柳、旱柳的基因组数据库和ARF蛋白的保守结构域对ARF家族成员进行了鉴定，在旱柳中鉴定出68个ARFs家族的成员并在6个物种间进行了进化分析，将ARF家族分为7个亚族，7个亚族内基因都很保守。对旱柳的68个ARF基因家族成员进一步进行保守域、基因结构、染色体定位等分析发现，旱柳ARF家族成员大部分具有B3、Auxin＿resp两个结构域，从基因结构的角度来看，不同亚族彼此间差异很大，但各亚族内外显子保守性较高。编码ARF的68个基因被定位到了32个染色体上，在两个亚基因组上分布情况相似。进一步利用转录组数据对ARF家族成员在旱柳初生生长过程中的表达模式分析发现，SmARF12B、SmARF27等基因对于速生性状具有正调控的作用。而SmARF26、SmARF1B等基因表达可能对速生性存在一定负调控作用。本研究首次对柳属ARF家族进行生物信息学鉴定，并分析了其与速生性的关系，为深入研究旱柳中ARF蛋白家族的...