| 基于转录组的荔枝XTH家族基因的鉴定及分析 |
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| 引用本文： | 董晨,魏永赞,王弋,郑雪文,李伟才. 基于转录组的荔枝XTH家族基因的鉴定及分析[J]. 分子植物育种, 2019, 17(12): 3865-3873 |
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| 作者姓名： | 董晨 魏永赞 王弋 郑雪文 李伟才 |
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| 作者单位： | 中国热带农业科学院南亚热带作物研究所,农业部热带果树生物学重点实验室,湛江,524091;中国热带农业科学院南亚热带作物研究所,农业部热带果树生物学重点实验室,湛江,524091;中国热带农业科学院南亚热带作物研究所,农业部热带果树生物学重点实验室,湛江,524091;中国热带农业科学院南亚热带作物研究所,农业部热带果树生物学重点实验室,湛江,524091;中国热带农业科学院南亚热带作物研究所,农业部热带果树生物学重点实验室,湛江,524091 |
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| 基金项目： | 国家荔枝龙眼产业技术体系基金项目;中央级公益性科研院所基本业务专项 |
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| 摘 要： | 为了研究木葡聚糖内切葡聚糖酶/水解酶(xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase, XTH)基因家族在荔枝花穗发育过程中的分布及表达情况,本研究基于‘妃子笑’荔枝花穗转录组数据,利用生物信息学研究方法,首次对‘妃子笑’荔枝XTH基因家族进行鉴定,包括基因的基本物理和化学特征,亚细胞定位,蛋白质保守结构域,进化关系和表达模式。结果表明:Lc XTH基因家族成员有29个,其蛋白长度范围在37~311 AA之间,对应的相对分子量范围在4.398~35.711 k D之间,等电点(pI)范围为4.39~9.46。此外,亚细胞定位分析显示所有LcXTH蛋白均位于细胞壁;Lc XTH含有2个相对保守的结构域(Glyco_hydro_16结构域和XET_C结构域);系统发育树分析表明LcXTH基因家族分为四组(Ⅰ~Ⅳ组),不同发育阶段LcXTHF基因的表达模式不同。本研究为进一步对XTH基因的功能研究提供理论依据。
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| 关 键 词： | 荔枝(Litchi chinensis) 木葡聚糖内切葡聚糖酶/水解酶 基因家族 生物信息分析 表达分析 |
Identification and Analysis of Xyloglucan Endotransglucosylase/Hydrolase (XTH) Family Gene in Litchi chinensis Based on Transcriptome |
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| Dong Chen,Wei Yongzan,Wang Yi,Zheng Xuewen,Li Weicai. Identification and Analysis of Xyloglucan Endotransglucosylase/Hydrolase (XTH) Family Gene in Litchi chinensis Based on Transcriptome[J]. Molecular Plant Breeding, 2019, 17(12): 3865-3873 |
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| Authors: | Dong Chen Wei Yongzan Wang Yi Zheng Xuewen Li Weicai |
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| Affiliation: | (Key Laboratory of Tropical Fruit Biology, Ministry of Agriculture, Institute of South Subtropical Corp Research, Chinese Academy of Tropical Agricultural Science, Zhanjiang, 524091) |
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| Abstract: | Dong Chen;Wei Yongzan;Wang Yi;Zheng Xuewen;Li Weicai(Key Laboratory of Tropical Fruit Biology, Ministry of Agriculture, Institute of South Subtropical Corp Research, Chinese Academy of Tropical Agricultural Science, Zhanjiang, 524091) |
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| Keywords: | Litchi chinensi XTH Gene family Bioinformation analysis Expression analysis |
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