| 尖孢镰刀菌甜瓜专化型基因组规模分泌蛋白的预测与分析 |
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| 引用本文： | 聂燕芳,周 淦,黄嘉瑶,王振中,李云锋.尖孢镰刀菌甜瓜专化型基因组规模分泌蛋白的预测与分析[J].华中农业大学学报,2016,35(3):24-29. |
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| 作者姓名： | 聂燕芳 周 淦 黄嘉瑶 王振中 李云锋 |
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| 作者单位： | 1. 华南农业大学材料与能源学院,广州,510642;2. 华南农业大学农学院/广东省微生物信号与作物病害重点实验室,广州,510642 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（30971887）； 广东省普通高校青年创新人才项目(粤教科函［2015］3号) |
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| 摘 要： | 利用Signal P、Wo LF PSORT、TMHMM、big-PI Predictor、Target P和Secretome P等软件,对尖孢镰刀菌甜瓜专化型(Fusarium oxysporum f.sp.melonis,FOM)全基因组26 811条蛋白质氨基酸序列进行了分泌蛋白的预测分析。结果表明,FOM全基因组编码蛋白中有1 145个经典分泌蛋白,占编码蛋白总数的4.3%;有8 471个非经典分泌蛋白,占编码蛋白总数的31.6%。对经典分泌蛋白特征进行分析,发现其氨基酸长度集中在100~600个氨基酸,信号肽长度集中在17~22个氨基酸。对经典分泌蛋白的功能预测分析表明,有605个分泌蛋白获得了注释,主要涉及糖代谢、转运过程、过氧化氢代谢和生物合成等。对碳水化合物酶类(CAZymes)进行分析,结果表明有277个分泌蛋白为CAZymes,占经典分泌蛋白总数的24.2%。
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| 关 键 词： | 尖孢镰刀菌甜瓜专化型 分泌蛋白 信号肽 碳水化合物酶类 蛋白功能预测 |
| 收稿时间： | 2015/9/20 0:00:00 |
Genome-scale prediction and analysis of secreted proteins of Fusarium oxysporum f.sp.melonis |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Fusarium oxysporum f sp melonis secreted protein signal peptide carbohydrate-active enzyme protein function prediction |
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