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西瓜ClKNOX基因家族全基因组鉴定及组织表达分析
引用本文:陈雅心,户奥锋,张力铭,刘权权,杨路明,朱华玉,刘东明.西瓜ClKNOX基因家族全基因组鉴定及组织表达分析[J].中国瓜菜,2024(5):18-27.
作者姓名:陈雅心  户奥锋  张力铭  刘权权  杨路明  朱华玉  刘东明
作者单位:河南农业大学园艺学院
基金项目:河南省科技攻关项目(222102110124);
摘    要:KNOX基因家族是编码同源异型盒蛋白的转录因子,在植物生长发育和胁迫响应中发挥着重要的调控作用。为进一步挖掘西瓜KNOX转录因子家族成员信息,探究分析其表达模式及基因功能,通过生物信息学方法对西瓜KNOX基因家族成员进行了鉴定,并对其理化性质、基因结构、系统进化及表达模式进行了分析。结果表明,西瓜基因组中共有12个KNOX基因,均定位于细胞核中,符合转录因子属性特征;KNOX1、KNOX2、ELK和Homeobox_KN这4类典型结构域均存在于大多数西瓜KNOX基因中,表明这4类结构域在KNOX基因功能中具有重要作用;系统发育分析将ClKNOX基因家族成员分为ClassⅠA、ClassⅠB、ClassⅡA和ClassⅡB 4个亚组,启动子元件分析表明,ClKNOX基因家族含有较多与生长发育和胁迫响应相关的顺式作用调控元件;组织表达分析结果表明,ClKNOX基因具有明显的组织特异表达特性,ClKNOX6和ClKNOX11在根和茎中高表达,而ClKNOX3和ClKNOX10在所有器官中表达量都相对较高,但所有ClKNOX基因在果肉中的相对表达量都较低。研究结果为进一步深入探究ClKNOX基...

关 键 词:西瓜  KNOX基因家族  全基因组鉴定  生物信息学分析  组织表达
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