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华西牛与雪龙黑牛背最长肌重量的全基因组关联分析
作者姓名:杜悦莹  安炳星  邓天宇  杜丽丽  梁忙  李柯安宁  曹晟  高会江  闵令江
作者单位:1. 青岛农业大学动物科技学院;2. 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
基金项目:国家自然科学基金项目(31872975);;国家肉牛牦牛产业技术体系项目(CARS-37);;财政部和农业农村部国家现代农业产业技术体系资助项目(CARS-37);;内蒙古自治区科学技术计划项目(2020GG0210);
摘    要:为了筛选华西牛和雪龙黑牛背最长肌重量相关的遗传标记和候选基因,试验以1 478头华西牛和452头雪龙黑牛为研究对象,对其背最长肌重量性状进行全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS),即测定其屠宰后背最长肌重量表型数据,利用Illumina Bovine-HD(770K)芯片对其基因组进行基因分型,采用FarmCPU模型和GEMMA模型对质控后的芯片数据进行GWAS,挖掘与华西牛和雪龙黑牛背最长肌重量显著相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点和候选基因。结果表明:华西牛与雪龙黑牛群体背最长肌重量表型性状均符合正态分布,且二者芯片数据经过质控后分别得到607 198,511 320个SNP位点,这些SNP位点在二者各个染色体上的分布比较均匀;利用FarmCPU模型在华西牛与雪龙黑牛群体分别检测到12个和9个与其背最长肌重量显著相关的SNP位点,且华西牛群体的显著SNP位点分别位于1,5,7,11,12,13,15,16,22,23号染色体上,鉴定到KCNAB1、PFN2、RNF13...

关 键 词:全基因组关联分析(GWAS)  华西牛  雪龙黑牛  背最长肌  重量  候选基因
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