贵州白山羊PRDM16基因变异及生物信息学分析

为探究贵州白山羊PRDM16基因的分子特征及编码蛋白的结构特征。本研究以贵州不同类群贵州白山羊为研究对象，采集128份血液并提取DNA。根据NCBI中GengBank的山羊PRDM16基因序列(登录号：NC＿030823),应用Premier 5.0软件设计特异性引物，用PCR技术进行混合测序检测基因多态性，利用相关生物信息学分析软件预测分析PRDM16基因的理化性质、疏水性、跨膜结构、亚细胞定位、信号肽、结构域、磷酸化位点、编码蛋白的二级和三级结构、系统进化树构建及蛋白互作信息。结果表明，PRDM16基因序列中存在g.342 G/A突变，生物信息学分析发现PRDM16基因CDS区全长3814bp,共编码1271个氨基酸，分子式为C₆₁₃₃H₉₅₄₅N₁₇₁₇O₁₉₀₄S₅₇,原子总数为19356个，相对分子质量为139624.04kU,带负电荷的残基总数为172个，带正电荷的残基总数为143个，不稳定指数为58.72,理论等电点(PI)为5.93,为酸性不稳定蛋白，亲水性平均...