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| 玉米黑粉菌基因组编码蛋白作用位点的计算机预测 | |
| 引用本文： | 黄婉,范成明,吴毅歆,何月秋.玉米黑粉菌基因组编码蛋白作用位点的计算机预测[J].西南农业学报,2008,21(1):84-86. |
| 作者姓名： | 黄婉 范成明 吴毅歆 何月秋 |
| 作者单位： | 1. 云南农业大学农业生物多样性与病虫害控制教育部重点实验室,云南,昆明,650201 2. 云南农业大学农业生物多样性与病虫害控制教育部重点实验室,云南,昆明,650201;云南省农业科学院经济作物研究所,云南昆明,650205 3. 云南农业大学农业生物多样性与病虫害控制教育部重点实验室,云南,昆明,650201;云南农业大学农业与生物技术学院,云南,昆明,650201 |
| 摘 要： | 利用已公布的玉米黑粉病菌基因组全序列数据及信号肽预测软件SignalP v3．0、亚细胞器中蛋白定位分布预测软件TargetP v1．01、跨膜螺旋结构预测软件TMHMM v2．0和膜锚定位点预测软件Big-PI Predictor预测分析了玉米黑粉病菌基因组编码蛋白的作用位点。结果表明，在6522个ORF中，具有分泌功能的有543个，占全基因组基因总数的8．3％；作用位点在线粒体的有1552个，占全基因组基因总数的23．4％；具有跨膜结构的有1269个，占全基因组基因总数的19．5％；锚定在膜上的有56个，占全基因组基因总数的0．9％。 |
| 关 键 词： | 玉米黑粉病菌 基因组 亚细胞作用位点 计算机预测 |
| 文章编号： | 1001-4829（2008）01-0084-03 |
| 收稿时间： | 2007-05-22 |
| 修稿时间： | 2007年5月22日 |
Computational prediction on subcellular location of proteins encoded in Ustilago maydis genome |
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| HUANG Wan,FAN Cheng-ming,WU Yi-xin,HE Yue-qiu.Computational prediction on subcellular location of proteins encoded in Ustilago maydis genome[J].Southwest China Journal of Agricultural Sciences,2008,21(1):84-86. | |
| Authors: | HUANG Wan FAN Cheng-ming WU Yi-xin HE Yue-qiu |
| Abstract: | The biosoftware, signal sequences prediction algorithm SigoalP v3.0, subcellular protein location prediction algorithm TargetP v1. 01, transmembrane domains prediction algorithm TMHMM v2.0 and potential GPI-anehor sites prediction algorithm Big-PI Predictor were employed to predict the subcellular location of proteins encoded in Ustilago maydis genome. The results showed that among 6522 ORFs, 543 ORFs,8.3% of the total genes,had secreted characteristic. Meanwhile, 1552 ORFs with mitochondrial targeting peptide, 1269 ORFs with transmembrane structure trod 56 ORFs with GPI-anchored structure accounted for 23.4%, 19.5% and 0.9% of the total genes,respoctively. |
| Keywords: | Ustilago maydis genome subcellular location computational prediction |
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