| 川芎转录组密码子使用偏好性分析 |
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| 引用本文： | 李慧娟,潘思皓,杜函圳,孙静莹,刘蓄坚,谭艳,周嘉裕,廖海. 川芎转录组密码子使用偏好性分析[J]. 湖北农业科学, 2017, 56(18). DOI: 10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2017.18.040 |
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| 作者姓名： | 李慧娟 潘思皓 杜函圳 孙静莹 刘蓄坚 谭艳 周嘉裕 廖海 |
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| 作者单位： | 1. 西南交通大学生命科学与工程学院,成都,610031;2. 中国人民解放军成都军区总医院,成都,610083 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目，四川省应用基础研究项目，成都市科技技术研发项目，省级大学生创新创业训练计划资助项目，中央高校基本科研业务费医学类专题研究项目 |
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| 摘 要： | 为了解川芎(Ligusticum chuanxiong Hort.)阿魏酸生物合成相关基因的密码子使用偏好性特点,为运用基因工程技术实现阿魏酸的异源生物合成提供理论依据,对川芎转录组中共50 108条Unigenes使用Codon W、Cusp和Chips进行在线分析。结果表明,总GC含量为41.4%,有效密码子占总数的16.17%,最优密码子偏好以A/U结尾,表明川芎转录组Unigenes密码子偏好程度整体水平不高。比较分析了川芎转录组中阿魏酸生物合成相关基因(PAL、C4H、C3H与COMT)与不同模式生物的稀有密码子,表明与大肠杆菌基因组密码子使用频率差值较大的有4个,与酵母、烟草和拟南芥基因组差值较大的均有3个,这预示着川芎阿魏酸生物合成相关基因在酵母、烟草和拟南芥中的表达效率较高。
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| 关 键 词： | 川芎(LigusticumchuanxiongHort.) 阿魏酸 生物合成相关基因 密码子偏好性分析 |
Preference Analysis of Codon Usage of Ligusticum chuanxiong Transcriptome |
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| LI Hui-juan,PAN Si-hao,DU Han-zhen,SUN Jing-ying,LIU Xu-jian,TAN Yan,ZHOU Jia-yu,LIAO Hai. Preference Analysis of Codon Usage of Ligusticum chuanxiong Transcriptome[J]. Hubei Agricultural Sciences, 2017, 56(18). DOI: 10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2017.18.040 |
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| Authors: | LI Hui-juan PAN Si-hao DU Han-zhen SUN Jing-ying LIU Xu-jian TAN Yan ZHOU Jia-yu LIAO Hai |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Ligusticum chuanxiong Hort. ferulic acid genes involved in biosynthesis codon preference analysis |
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