基于SLAF-seq技术枇杷SNP位点开发 |
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作者单位: | 浙江省农业科学院园艺研究所,杭州,310021;福建省农业科学院果树研究所,福州,350013 |
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基金项目: | 国家青年基金;国家科技重大专项;台州院地合作项目;浙江省重点研发计划项目 |
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摘 要: | 利用SLAF-seq测序技术,开发一批特异性强、稳定性高的单核苷酸多态性(SNP)位点,为枇杷遗传图谱构建、分子辅助育种和物种进化等研究提供理论依据。本研究共收集294份枇杷属资源,利用SLAF-seq测序技术进行测序。以梨基因组为参考基因组进行电子酶切预测,确定使用HaeⅢ+Hpy166Ⅱ进行酶切,构建SLAF-seq文库,而后筛选314~364 bp长度的DNA片段定义为SLAF标签,预测可得到116 171个SLAF标签。共获得526.63 M reads数据,各样品所获得的读长数目在119 893~9 305 152范围内,平均读长为1 787581;测序质量值Q30的范围在88.26%~95.67%,平均为93.61%;GC含量分布在38.79%~42.92%范围内,平均值为40.35%。本实验以水稻测序获得0.16 M reads的数据量为Control,双端比对效率在91.28%,说明SLAF建库基本正常。生物信息学分析结果显示本研究共获得623 356个SLAF标签,且有123 498个多态性的标签,多态性为19.81%。在多态性SLAF标签上开发得到1 604 434个群体SNP标记。根据完整度0.8,MAF0.05过滤,共得到95 960个高一致性的群体SNP。
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关 键 词: | 枇杷 SLAF-seq 自然群体 SNP标记 |
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