| 基于转录组测序数据的青稞WRKY基因家族的生物信息学分析 |
| |
| 引用本文： | 蒋礼玲,陈丽华,尼玛扎西,马晓岗,黄胜雄,李高原.基于转录组测序数据的青稞WRKY基因家族的生物信息学分析[J].分子植物育种,2021,19(2):370-379. |
| |
| 作者姓名： | 蒋礼玲 陈丽华 尼玛扎西 马晓岗 黄胜雄 李高原 |
| |
| 作者单位： | 青海大学农林科学院,青海省农林科学院,青海省青稞遗传育种重点实验室,国家麦类改良中心青海青稞分中心,农业农村部作物基因资源与种质创制青海科学观测实验站,国家作物种质复份库,西宁, 810016;西藏自治区农牧科学院,拉萨,850002;合肥工业大学食品与生物工程学院,合肥,230009 |
| |
| 基金项目： | 青海省科技厅项目(2016-ZJ-773,2017-ZJ-Y41);物种资源保护项目;国家自然科学基金(31760383);2017年西部之光“西部青年学者”项目共同资助。 |
| |
| 摘 要： | WRKY是植物中一类重要的转录因子,广泛调控了植物的生长发育和逆境胁迫应答。基于青稞白粉病侵染幼苗的转录组测序数据,本研究鉴定得到41个青稞WRKY转录因子,被划分为3个大组:Ⅰ组(6个)、Ⅱ组(21个)和Ⅲ组(12个)。另外,Hv WRKY40和Hv WRKY41没有分组。青稞WRKY基因进化分析的聚类结果和分组结果一致,进一步支持了我们分组的正确性。包括HvWRKY2、HvWRKY8、HvWRKY13、HvWRKY34和HvWRKY41,以及HvWRKY4、HvWRKY7、HvWRKY20、HvWRKY26和HvWRKY30在内的两组WRKY基因,表现出明显的先升高(36 h和72 h),后降低(168 h)的基因表达趋势。这些WRKY基因很可能参与了调控青稞抗白粉病的分子应答机制。青稞WRKY家族的蛋白相互作用网络中,Hv WRKY3、Hv WRKY8、Hv WRKY9属于网络中的主要中心节点。此外,Hv WRKY3、Hv WRKY8、Hv WRKY9、Hv WRKY30、HvWRKY34、Hv WRKY38、Hv WRKY39彼此之间相互作用,是蛋白互作网络的核心网络。本研究挖掘了青稞的WRKY家族成员,系统分析了家族成员的分组、家族成员的WRKY保守域特点、家族成员之间的进化关系、白粉菌侵染下的基因表达水平和家族成员的蛋白互作网络。本研究可为今后青稞的抗逆研究提供优良的候选WRKY基因。
|
| 关 键 词： | WRKY 青稞 转录组 系统进化 蛋白互作网络 |
Bioinformatics Analyses of WRKY Family Members in Hordeum vulgare L. var. nudum Based on RNA-seq Data |
| |
| Jiang Liling,Chen Lihua,Nyima Tashi,Ma Xiaogang,Huang Shengxiong,Li Gaoyuan.Bioinformatics Analyses of WRKY Family Members in Hordeum vulgare L. var. nudum Based on RNA-seq Data[J].Molecular Plant Breeding,2021,19(2):370-379. |
| |
| Authors: | Jiang Liling Chen Lihua Nyima Tashi Ma Xiaogang Huang Shengxiong Li Gaoyuan |
| |
| Institution: | (National Duplicate Genebank for Crops,Qinghai Research Station of Crop Gene Resource&Germplasm Enhancement,Ministry of Agriculture,Qing hai Hulless Barley Sub-center of National Triticeae Improvement Center,Qinghai Provincial Key Laboratory of Hulless Barley Genetics and Breeding,Qinghai Academy of Agricultural and Forestry Science,Academy of Agriculture and Forestry of Qinghai University,Xining,810016;Tibet Academy of Agricultural and Animal Husbandry Sciences,Lhasa,850002;School of Food and Biological Engineering,Hefei University of Technology,Hefei,230009) |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | |
| 本文献已被 CNKI 维普 万方数据 等数据库收录！ |
|
