不同日本和牛杂交组合皮下脂肪转录组分析

笔者利用RNA-Seq法研究比较miRNA在不同杂交和皮下脂肪组织中的表达的情况,以期寻找不同日本和牛杂交牛脂肪沉积的遗传差异。选取体重相似、健康、生长状况良好的12月龄和涠杂交牛与和娟杂交牛各4头,分别取它们的背部皮下脂肪组织,构建miRNA的2个DNA杂交文库,然后对Illumina测序,并对测序数据进行生物信息学分析。结果表明,在和涠杂交牛与和娟杂交间存在4813个差异表达基因,包括2427个上调基因和2386个下调基因。通过对差异表达基因的GO功能富集分析,发现差异表达基因显著富集在氧化还原过程、酶活性及细胞外组分等。通过差异基因的KEGG途径分析,在脂肪相关的信号传导途径中发现了脂肪酸代谢,PPAR信号传导途径,粘着斑,ECM受体相互作用,不饱和脂肪酸生物合成和与前脂肪细胞分化相关的丙酸代谢等存在差异基因富集。