| 瘟病毒属3种病毒多聚蛋白酶基因同义密码子偏爱性分析 |
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| 引用本文： | 王国超,乔 军,孟庆玲,等.瘟病毒属3种病毒多聚蛋白酶基因同义密码子偏爱性分析[J].西北农林科技大学学报(社会科学版),2015,43(1):7-13. |
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| 作者姓名： | 王国超 乔 军 孟庆玲 等 |
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| 作者单位： | 石河子大学 动物科技学院 预防兽医学重点实验室,石河子大学 动物科技学院 预防兽医学重点实验室,石河子大学 动物科技学院 预防兽医学重点实验室 |
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| 基金项目： | 新疆生产建设兵团国际科技合作计划项目（2012BC006）；公益性行业（农业）科研专项子课题项目（201303037-5） |
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| 摘 要： | 【目的】分析黄病毒科瘟病毒属的猪瘟病毒(CSFV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)和羊边界病毒(BDV)3种病毒多聚蛋白酶基因密码子的使用特点,初步探讨3种病毒多聚蛋白酶基因的进化及对不同宿主的适应策略。【方法】运用EMBOSS软件的CHIPS和CUSP程序及CodonW在线分子生物学软件,分析CSFV、BVDV和BDV的有效密码子数(ENc),碱基GC含量(Gcall),密码子第1、2、3位GC含量(GC1、GC2、GC3),相对同义密码子使用度(RSCU)及同义密码子第3位的GC含量(GC3s),并对3种病毒多聚蛋白酶基因的ENc进行绘图分析。【结果】CSFV、BVDV、BDV 3种病毒多聚蛋白酶基因的ENc值分别为51.205,51.323和52.580,表明3种病毒多聚蛋白酶基因的密码子偏好程度均较低;上述3种病毒多聚蛋白酶基因的GC含量分别为46.84%,45.99%和45.71%,均不超过50%;除BDV多聚蛋白酶基因同义密码子含量表现为GC1>GC3>GC2外,CSFV和BVDV均表现为GC3>GC1>GC2,且除CSFV的GC3为52.02%外,所有病毒的GC1、GC2、GC3均小于50%,可见3种病毒间的碱基组成(GC含量)及ENc值差异较小。RSCU分析表明,与CSFV偏爱使用G/C结尾的密码子不同,BVDV和BDV更偏爱使用以A结尾的密码子,这可能与病毒对宿主的适应策略有关。ENc绘图分析(Nc-plot)说明,碱基组成对密码子使用模式影响较小。【结论】CSFV、BVDV、BDV 3种病毒多聚蛋白酶基因密码子的偏好性较低,这可能是病毒进化过程中对宿主的一种适应策略。
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| 关 键 词： | 黄病毒科瘟病毒属 多聚蛋白酶基因 同义密码子 偏爱性 |
| 收稿时间： | 9/9/2013 12:00:00 AM |
Analysis of synonymous codon preferences of poly protease genes in three viruses of Flaviviridae Pestivirus genus |
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| WANG Guo-chao,QIAO Jun and MENG Qing-ling,et al.Analysis of synonymous codon preferences of poly protease genes in three viruses of Flaviviridae Pestivirus genus[J].Journal of Northwest Sci-Tech Univ of Agr and,2015,43(1):7-13. |
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| Authors: | WANG Guo-chao QIAO Jun and MENG Qing-ling |
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| Institution: | WANG Guo-chao;QIAO Jun;MENG Qing-ling;LIU Yu-cheng;YANG Hai-bo;HE Zhi-hao;PENG Ye-long;XIE Kun;CHEN Chuang-fu;Key Laboratory of Preventive Veterinary Medicine,Department of Animal Science and Technology,Shihezi University; |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Pestivirus genus of the family Flaviviridae poly protease gene synonymous codon prefere nce |
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