荧光RT-PCR鉴别诊断O型与Asia I型口蹄疫病毒方法的建立

从GenBank中获取多个口蹄疫病毒（Foot-and-mouth disease virus，FMDV）基因组序列，进行多序列比对之后，设计对应于口蹄疫病毒的3D、VP3和3C区域的引物和探针，分别建立了FMDV群特异性实时荧光RT-PCR、O型特异性实时荧光RT-PCR和Asia I型特异性实时荧光RT-PCR检测方法。三种FMDV实时荧光RT-PCR在Lightcycler荧光PCR仪上扩增均出现标准的S型曲线，并且具有良好的特异性，可以很好地将FMDV与传染性牛鼻气管炎病毒（Infectious bovine rhinotracheitis virus）、猪传染眭胃肠炎病毒（Swine transmissible gastroenteritis virus）、赤羽病病毒（Akabane virus）和猪呼吸系统冠状病毒（Porcine respiratory corona virus）区分。FMDV群特异性实时荧光RT-PCR可以成功扩增O型（O1和O2毒株）和Asia I型（Asia I1和Asia I2毒株）FMDV；O型特异性实时荧光RT-PCR可成功扩增O型（O1和O2毒株）FMDV，Asia I型（Asia I1和Asia I2毒株）FMDV为阴性；Asia I型特异性实时荧光RT-PCR可成功扩增Asia I型（Asia I1和Asia I2毒株）FMDV，O型（O1和O2毒株）FMDV为阴性。FMDV群特异性实时荧光RT-PCR、O型特异性实时荧光RT-PCR和Asia I型特异性实时荧光RT-PCR都可以检测到10个拷贝的模板，灵敏度接近检测方法的极限。检测时间短，从加样到反应结束只需要70min。该方法有潜力用于FMDV的实验室筛查与鉴别诊断。