新暗色柱节孢H1全基因组测序和注释

【目的】测序并组装火龙果溃疡病病原菌新暗色柱节孢(Neoscytalidium dimidiatum)H1的基因组序列，为了解其基因组构成、遗传变异、致病机理和制定防控策略奠定基础。【方法】提取贵州火龙果溃疡病病原菌N.dimidiatum H1的基因组DNA,利用Illumina NovaSeq和Nanopore PromethION测序平台进行基因组测序、组装和注释分析。【结果】通过测序和组装获得N.dimidiatum H1的基因组规模为43.78 Mb, Gap数量为0;组装获得14个contig, N50长度为3.92 Mb,平均长度为3.13 Mb,最长长度为5.63 Mb。使用真核和真菌直系同源基因集进行BUSCO评估，完整的单拷贝基因比例分别为98.60%和98.50%。N.dimidiatum H1的基因组含有12 962个编码基因和205个非编码RNA。N.dimidiatum H1的基因组中重复序列含量为1.62%,简单重复为主要类型。转座子含量为1.59%,以LTR类Gypsy亚族和LINE类为主要类型。共计12 703个(98.00%)编码基因被注释，与同属于...